Durante la invasión norteamericana de México en 1846, la región de Córdoba quedó protegida de las tragedias que sufrió el resto de la república, salvo, curiosamente, en los últimos meses, cuando la guerra había terminado.
En 1847, el ejercito norteamericano al mando del General Scott desembarcó en Veracruz, para dirigirse en seguida a la ciudad de México. En vez de transitar por el camino usual, el valle de Córdoba y Orizaba hacia la planicie de Puebla, Scott escogió pasar por Jalapa, tomando el ejercito mexicano por sorpresa. A pesar de la movilización de las guardias nacionales de Veracruz, entre ellas 500 hombres de Orizaba y 400 de Córdoba, Scott logró una victoria decisiva en el Cerro Gordo. Se desconoce el número de perdidas de ambas ciudades.
Scott se apoderó rápidamente de Puebla y luego de México, a pesar de la resistencia popular y del sacrificio de los niños héroes. El ejercito norteamericano, victorioso, se encontraba sin embargo en una situación difícil, su seguridad y su abastecimiento dependían de los convoyes llegando de Veracruz. Potentes guerrillas, al mando de Juan Clímaco Rebolledo, atacaban continuamente los transportes, ocasionando notables perdidas de hombres y de material, pero Córdoba y Orizaba seguían tranquilas.
Sin embargo, existían conflictos administrativos locales consecutivos a cambios políticos. En 1837, Córdoba y Cosamaloapan se habían separados del distrito de Orizaba. Luego, se regresó Cosamaloapan al distrito de Orizaba, mientras Huatusco pasaba bajo el control de Córdoba. Esas permutaciones perjudicaron la organización regional de la Guardia Nacional. Scott aprovechó esta situación.
Había reclutado una contraguerilla compuesta de unos 100 mexicanos, muchos de ellos bandidos salidos directamente de la cárcel, al mando de los coroneles Manuel Domínguez y Ethan A. Hitchcock. Su misión era mantener la seguridad del camino a Veracruz. No se sabe por que Scott decidió mandar la contra-guerrilla de Manuel Domínguez a Orizaba en septiembre de 1847, cuando las operaciones militares estaban terminadas. Orizaba decidió no resistir, y poco tiempo después también Córdoba se rindió, pero a regañadientes. Los invasores no cometieron excesos en Orizaba; pero solían mandar expediciones de saqueo á Córdoba, y volver cargados de gallinas, frutas y otros efectos que no podían ser considerados como botín de guerra.
El 13 de febrero de 1848, el Coronel Bankhead entró en Córdoba. Miembro del Estado Mayor de Scott, Bankhead era un amigo personal de este último. Eso tiene obviamente implicaciones importantes en su designación para esta misión de confianza. ¿Cuales eran las intenciones de Scott? ¿Por qué, de repente, se interesó en esta región? Bankhead aplicó de inmediato medidas extremas, alojando sus soldados en las escuelas y las iglesias, imponiendo requisiciones de 5000 tercios de tabaco, exigiendo impuestos elevados. De nada le sirvió, pues el juez militar Mortimer desertó, llevándose el dinero.
Se desconoce por completo el por qué de esa diferencia de actitud entre ambas ciudades. ¿Será una consecuencia de su rivalidad política? Es poco probable, ya que los abusos se debieron a las fuerzas norteamericanas, más específicamente a unidades especializadas en la represión. ¿Acaso, se identificó en las guerrillas veracruzanas la presencia de voluntarios oriundos de Córdoba o de Huatusco? Queda por investigarse el asunto. Pero, por lo menos, esta parte del territorio nacional quedó por una vez relativamente protegida de las tragedias que ocurrieron en casi todo el territorio nacional.
