En el Parque Industrial Atoyaquillo, entre la ciudad y Amatlán de los Reyes, en la orilla del Río Seco, se encuentran los vestigios del sitio arqueológico de Cerro del Toro Prieto. Fue descubierto en 1991 por el arqueólogo Fernando Miranda Flores del Centro INAH de Veracruz, durante un proyecto de rescate en la Autopista Córdoba-Veracruz, en el marco del registro sistemático del patrimonio arqueológico del valle de Córdoba. Se tienen actualmente identificados 71 sitios en el municipio, fechados desde el Formativo Medio (400 antes de Cristo) hasta la conquista. Por ser el más importante, Cerro del Toro Prieto es obviamente la cabecera regional, rodeada de centros secundarios o de barrios como los sitios vecinos de San Rafael Río Seco o Parque Industrial Atoyaquillo.
Los vestigios arqueológicos que cubren cerca de 250 hectáreas cuentan con más de 87 plataformas, desde simples basamentos de casas dispuestas alrededor de patios o plazas, hasta templos, adoratorios y una cancha de juego de pelota. Muchos edificios fueron parcialmente destruidos durante la construcción del Complejo Industrial Coficsa, pero en esta parte del municipio, se sigue cultivando caña de azúcar, lo que permitió la preservación de algunos montículos.
En dos temporadas se excavó un total de 20 basamentos que proporcionaron un material suficiente para fechar el sitio. La ocupación local abarca desde el Formativo Medio hasta 1100 después de Cristo (Posclásico Temprano), siendo el periodo clásico él de mayor ocupación.
Los vestigios procedentes de las excavaciones pertenecen principalmente a la cultura Remojadas del centro de Veracruz, definida por el arqueólogo veracruzano Alfonso Medellín Zenil, con una abundancia notable de obsidiana procedente de las minas cercanas del Pico de Orizaba. Pero también se encontraron navajas de obsidiana verde importadas de las minas de la Sierra de las Navajas en Hidalgo, algunos fragmentos de sahumadores de estilo maya y, en unas sepulturas, restos de mica de Oaxaca. Eso confirma que el sitio alcanzó su apogeo en el Clásico (300-900), en relación con el desarrollo de la ruta de intercambio entre Teotihuacán, en la cuenca de México, y la costa veracruzana, que atraviesa el valle de Maltrata.
También se encontraron en las excavaciones varias esculturas, entre ellas un fragmento de estatua del Dios Viejo, Huehueteotl, y un bellísimo yugo completo de piedra pulida en forma de sapo. Un anillo de juego de pelota se encuentra actualmente en el museo de Córdoba, sin que se sepa su procedencia exacta: podría también venir del sitio vecino de Toxpan donde también existe una cancha de juego de pelota. El material encontrado en esas excavaciones ha sido parcialmente publicado por Miranda y la arqueóloga A. Daneels y está actualmente conservado en el Museo de Córdoba o en las bodegas del Centro regional del INAH, en Veracruz.
